ผู้หญิงที่รับประทานยาคุมกำเนิดหรือที่เรียกกันทั่วไปว่ายาคุมกำเนิดมีปริมาตรของมลรัฐที่เล็กกว่าอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเทียบกับผู้หญิงที่ไม่กินยาตั้งอยู่ที่ฐานของสมองเหนือต่อมใต้สมอง ไฮโปทาลามัสผลิตฮอร์โมนและช่วยควบคุมการทำงานของร่างกายที่จำเป็น รวมทั้งอุณหภูมิร่างกาย อารมณ์ ความอยากอาหาร แรงขับทางเพศ รอบการนอนหลับและอัตราการเต้นของหัวใจ

ผลกระทบทางโครงสร้างของฮอร์โมนเพศ รวมทั้งยาเม็ดคุมกำเนิด ต่อ hypothalamus ของมนุษย์นั้นไม่เคยมีรายงานมาก่อน ซึ่งอาจเป็นส่วนหนึ่งเนื่องจากวิธีการตรวจสอบในการวิเคราะห์การตรวจ MRI ของไฮโปทาลามัสในเชิงปริมาณยังไม่สามารถใช้ได้ ยาคุมกำเนิดเป็นรูปแบบการคุมกำเนิดที่ได้รับความนิยมมากที่สุดและยังใช้รักษาอาการต่างๆ เช่น ประจำเดือนมาไม่ปกติ ตะคริว สิว เยื่อบุโพรงมดลูกเจริญผิดที่ และกลุ่มอาการรังไข่มีถุงน้ำหลายใบ ตามรายงานปี 2018 จากศูนย์สถิติสุขภาพแห่งชาติของศูนย์ควบคุมและป้องกันโรค ผู้หญิงประมาณ 47 ล้านคนที่มีอายุระหว่าง 15-49 ปีในสหรัฐอเมริการายงานว่ามีการใช้ยาคุมกำเนิดในปัจจุบัน ในจำนวนนั้น 12.6% ใช้ยานี้